1、潔凈室送風的過濾
潔凈室空調送風系統的末端裝置—高效空氣過濾器（HEPA）或超高效空氣過濾器（ULPA），在正常情況下能有效過濾經空調機組處理的新風和回風中的顆粒污染物。經高效、超高效空氣過濾器處理后的潔凈空氣送入室內，可有效排替、沖淡室內污染物，以維持室內的潔凈度。但末級過濾器如有破損或過濾器與支撐框架間的密封出現裂隙，氣密性失效，那么未經高效空氣過濾器過濾的空氣就可能攜帶大量污染粒子進入室內并隨氣流擴散，危害影響范圍較大。因此潔凈室投入使用前的末級過濾器檢漏、堵漏或更換工作十分重要。運行過程中防范末級過濾器受損，也十分重要。高效空氣過濾器達到使用壽命后及時更換也同樣予以關注。
2、不同級別相鄰潔凈室間的壓差
防止從相鄰的潔凈度較低區域向潔凈室傳播污染的主要方法是：維持高潔凈度區域相對于低潔凈度區域、低潔凈度區域相對于服務區域、服務區域相對于室外，有一個合適的正壓值。根據不同的情況，不同級別相鄰房間的正壓值約為5～10Pa。讓不同潔凈度的各級房間維持梯次的壓差，目的是當房間門處于關閉情況時，通過縫隙的氣流流向是由高級別潔凈室流向低級別潔凈室、由低級別潔凈室流向走廊和服務區，再流向室外，這樣就可減少由室外向服務區域、服務區域向低級別潔凈室、低級別潔凈室向高級別潔凈室傳播空氣中的懸浮污染物。
正壓差值并非越大越好，研究和實踐證明，人員物料通過門時，即使門兩側關門壓差高達50～60Pa，仍難避免隨人員、物料向內移動時的攜帶氣流將污染帶入室內。特別是當門兩側存在溫度差別時，門敞開后，即使無人走動，在開口斷面部分面積上也存在逆向氣流，帶入空氣的懸浮污染物。此外，過高的正壓差還會造成潔凈室的門既難開啟又難關嚴，門縫氣流造成哨聲噪聲，以及因氣流外溢過量而補風量增加，浪費能源和加重各級過濾器負擔。
潔凈室合理的氣流組織方案是減弱開門時污染物侵入的輔助手段之一。通常在靠近低級別潔凈室一側的門口設置一些回風口，以形成部分潔凈室氣流向門一側運動的趨勢，與潔凈室在關門狀態下的正壓外溢氣流匯成一股向門內側運動的氣流流型。一旦門開敞后，侵入的污染物向潔凈室進深擴散的范圍將會明顯縮小。了解開門時污染侵入的風險，使一些潔凈室的關鍵工序或污染敏感工藝與門保持合理的距離，也是必要措施之一。
此外，設置帶有不能同時開啟的兩道門的緩沖間或氣閘室，也是減少開門時傳入空氣中懸浮污染物的手段之一。一些常規程序，如進入潔凈室穿鞋套，使用地面粘墊等也是減少帶入外部污染的必要手段。
3、合理的氣流組織
潔凈室的送、回風系統，既是清除空氣中懸浮污染物的重要手段，但也可能成為傳播污染的途徑。因此，合理的氣流組織對于潔凈室十分重要。
除上面提到的在與較低級別潔凈室相鄰的門內兩側設置回風口，以縮減開門時室外空氣中污染物侵入的范圍的方法外，還有許多可以改善潔凈室通風效果的措施。
例如，對那些對空氣中懸浮污染物敏感的工序或工藝，在非單向流潔凈室中盡可能在其上方設置送風口，使其處于潔凈空氣的籠罩下和處在潔凈氣流的上風向。而在那些可能產生污染的工藝附近設置回風口，使它們處于下風向，以減少污染物在潔凈室的擴散。產生污染物較為嚴重的工序，如半導體工業中單晶硅的切片、磨片，制藥行業中的粉碎工藝、壓片、糖衣成型工序等，則宜于在工藝上采取隔離、屏蔽措施并適當的排風，將所產生的懸浮污染物直接排除室外，減少它們向室內空氣的擴散量。
又例如，對那些關鍵工序，如在凍干車間收粉室的凍干機開口處、大輸液的灌封部位、生物潔凈室手術室的手術區等，采用垂直或水平單向流氣流流型，用潔凈空氣籠罩與隔絕周邊環境的污染，都是合理利用氣流組織的案例。
4、圍護結構等表面的維護與清潔
首先是潔凈室的墻面、地面、頂棚等圍護結構，在設計、施工中要選用表面光潔、質地堅實、不產塵、少積塵、耐清洗等符合質量要求的材料。要求在被頻繁擦拭、洗滌等清潔、消毒的條件下，表面不變粗糙或多孔，否則會存留微粒和化學污染物，或容易導致微生物污染。
在設計、施工中應保證潔凈室內的墻面、地面、頂棚、門、空氣擴散板和地漏等都是易于進行表面清潔的。而且還應把墻面、地面、頂棚等的接縫處的細節考慮在內，特別要避免出現有可能積留水分的地方或表面。
傳送設備的表面易于清潔也十分重要。物料、零部件等的傳送帶往往是難于清潔的部位，在工藝設計時必須予以關注。
在輪車、推車和攜帶材料的人員頻繁通行、極易碰到墻和門等的外露表面處，應有耐磨損、耐沖撞的防磨條或防護杠，以保護易受損的材料，如醫院手術室潔凈走廊的防撞帶就是應用的實例。
在設計和施工等方面符合要求的基礎上，嚴格的清潔制度是保證盡可能減少圍護結構散發污染的重要方面。
5、控制人員散發的污染
人員的鼻腔、口腔、皮膚、頭發和身上的服裝都是散發污染物。根據試驗，人員身著一般工作服行走時，每分鐘散發的≥0.5um的顆粒數可高達2.9*10⁶pcs/人.min，穿普通手術服，做踏步動作時，散發的微生物可達約2400CFU/人.min。
控制人員散發的污染，首先是控制進入潔凈室的人員數量。與生產、科研無直接關系、未經潔凈室工作人員守則培訓的人員，一律不得進入潔凈室。進入的人員要遵循潔凈室工作守則，整齊穿著潔凈室工作服，戴工作手套、頭罩、穿靴子，經潔凈通道進入。
除盡可能降低人員散發的污染物外，空調凈化送風的氣流也是有效稀釋、疏導并排出人員散發的污染物的重要手段。例如人員行走的通道是散發污染物的主要位置，在該處設置回、排風口，使其處于室內下風向，以盡量減少人員所散發的污染物擴散到潔凈車間的其它區域。又如關鍵工序部位設置在潔凈室中非操作人員不易到達之處，以減少額外的人員污染。
6、控制工藝設備及工藝的產塵
潔凈室內的工藝設備應選料精良，光潔耐磨，轉動、滑動部位格外重要，要盡可能減少磨損及產塵。對于那些產塵的工藝過程要盡可能的將其封閉或設置圍擋，并輔以排風，形成局部范圍相對于潔凈室的負壓，以限制污染物向潔凈室其它區域擴散。
對室內的機器設備定期進行清潔、擦拭是必要的制度，也是減少積塵二次飛揚的有效措施。
7、進入潔凈室的材料與部件的清潔
潔凈室的產品和產品的原材料、產品的容器和包裝材料都要使用不產生污染的材料。這些材料的生產制造也應在對產品污染相對較小的環境中進行。例如，大輸液塑料瓶的注塑車間等，宜維持一定的潔凈級別，以減少大輸液灌封工序環境的污染負荷。