對食物的處理、加工、儲藏等設施及其使用設備進行良好設計可以創造一個潔凈的加工環境以能保持持久地、可信賴地、經濟地生產純凈、無污染、高質量的產品。食品工業、尤其是速食產品出現后，為了衛生清潔，工廠各空間需要進一步分離或者說生產空間“區域化”。面對一系列更高的清潔要求，區域化有助于防止已經熱加工或者殺菌的產品與其他物品的微生物交叉污染。以下按《食品工業潔凈用房建筑技術規范》作一個介紹。
1、合理布局與分布
建有潔凈用房的食品工廠廠區內的建筑物的位置應滿足食品生產工藝的需要。相互有影響的生產工藝，不宜設在一個建筑物內，當設在一個建筑物內時，各自生產區域之間應有效的隔斷措施。生產發酵產品應具備發酵車間。
食品工廠廠區應劃分生活區和生產區;生產區中應明確區分潔凈生產區、一般生產區和非食品處理區。生產車間內應劃分出與生產規模相適應的面積和空間作為物料、中間產品、待驗品和成品的暫存區，并應嚴防交叉、混淆和污染。其中：非食品處理區應包括動力、配電、機修等用房和空調冷凍機房等。
一般生產區應包括倉儲用房、非潔凈生產用房、外包裝用房等。生產區內有相互的不同房間之間應符合品種和工藝的需要，必要時應有緩沖室等防止交叉污染的措施，緩沖室面積不應小于3㎡。
潔凈生產區是核心，潔凈生產區應按生產流程及相應潔凈用房等級要求合理布局。生產線布置不應造成往返交叉和不連續。有良好衛生生產環境要求的潔凈生產區，應包括易腐性食品、即食半成品或成品的zui后冷卻或包裝前的存放、前處理場所，不能zui終滅菌的原料前處理、產品灌封、成型場所，產品zui終滅菌后的暴露環境，內包裝材料準備室和內包裝室，以及為食品生產、改進食品特性或保存性的加工處理場所和檢驗室等。其中有無菌要求但不能夠實行zui終滅菌的工藝和雖能實行zui終滅菌，但滅菌后有無菌操作的工藝，應在潔凈生產區內進行。
2、規范食品工業潔凈用房
食品工業潔凈用房的分級主要依據食品衛生等級或可以減少產品衛生危害的控制措施與要求的難易程度。過去食品加工一般處于20℃以下，生產環境衛生等級要求不高，如溫度保持在一個適宜微生物生長的范圍內（20℃-38℃），生產車間就需保持比較高的衛生等級，這由食品生產過程的工藝決定。其次，食品本身的產品屬性（包括產品中的水分含量、酸堿性—pH值、營養性以及產品中防腐劑含量）與生產環境要求密切相關。如食品含防腐劑、或堿性特別高（﹥10）或酸性特別低（﹤3.5）、或水分含量低的情況下，食品本身抗腐性很強，對生產環境衛生等級要求不高，反之，要求則很高，這會提高產品對微生物敏感度。同樣，如對嬰兒、兒童、特殊高危人群提供的食品，則對于同樣產品，要提高生產環境衛生等級。食品工業潔凈用房宜分為以下4個等級，食品工業潔凈用房等級及其控制區域：
1級：高污染風險的潔凈操作區。高污染風險是指進行風險評估時確認在不能zui終滅菌條件下，食品容易長菌、配制灌裝速度慢、灌裝用容器為廣口瓶、容器須暴露數秒后方可密閉等狀況。
2級：1級區所處的背景環境，或污染風險僅次于1級的涉及非zui終滅菌食品的潔凈操作區。
3級：生產過程中重要程度較次的潔凈操作區。
4級：屬于前置工序的一般潔凈要求的區域。
食品工業潔凈用房以控制會對食品造成污染的有生命微粒為主要目的，因此各級潔凈用房注重對細菌數量的控制要求。控制參數的確定借鑒了國內外已有相關標準規范。微生物污染與溫濕度密切相關，食品工業潔凈用房的溫度和濕度控制成為關鍵。若生產工藝對溫度和濕度有特殊要求，則應根據生產要求進行合理設計建設;若對溫度和濕度無特殊要求時，1級、2級潔凈用房溫度應為20℃-25℃，相對濕度為30%-65%；3級潔凈用房溫度應為18℃-26℃，相對濕度應為30%-70%。