醫院內的細菌控制與交叉感染控制，一直是醫院工作重點，也是醫院空調的主要任務。但是，與人們的初衷相反，許多醫院的空調系統，由于各種原因，往往成為院內感染（Hospital acquired infection）的主要根源之一、空調過濾器的準時更換是醫院二次污染與細菌控制方法之一, 空調系統造成院內感染的途徑有多種，例如，有因空調機組本身的問題，或系統設計、安裝的問題，而引起的院內感染（被稱為“不合適空調”）；也有因空調初效過濾器的運行、管理中效過濾器空氣過濾器的問題，而引起院內感染的現象。醫院空調的制造者、系統的設計者，理應更為全面、更為妥善地解決這些問題。醫用空調機組及其系統有效的細菌控制，是我們面臨的緊迫任務。
空氣途徑細菌控制的重要性
1、醫院各種病菌都有，空調過濾器的準時更換是醫院二次污染與細菌控制方法之一,原因它們可能通過回風進入空調系統。由于患病、藥物治療或放射性治療，降低了患者對病菌感染的抵抗力，所以如果患者處于“不合適空調”環境中，通過空氣途徑造成院內感染的幾率，會大大增大。 合適的空調過濾器的準時更換是醫院二次污染與細菌控制方法之一，可以創造健康、舒適的環境，但是“不合適空調”，往往在客觀上營造了前3個條件， 即提供細菌繁殖的可能，增加細菌感染的機會，又將空調中產生的細菌散播給易感人群，增大了人們通過空氣途徑得病的幾率。現實中，人們往往不是從根本上解決這個問題，而是依賴化學消毒，殺死已有的病菌，以為這樣就可解決一切問題了。但長期的消毒實踐，已經暴露出化學消毒的許多弊端。化學消毒劑對人的皮膚、神經系統、胃腸道及呼吸道，有一定的不良影響，甚至可能損傷患者的免疫系統。不少醫院環境的化學藥物殘留，已引起人們的高度重視。長期使用化學藥物，不僅會產生耐藥性菌株，而且會抑制正常菌群。尤其是手術過程中，患者體表局部或粘膜被劃開，失去了抵御病原微生物的屏障，懸浮在空氣中或皮膚表面的微生物，隨時都可直接侵入肌體組織，從而很容易引起術后感染或其他疾病。
2、造成細菌傳播以及發生細菌感染的條件
這些條件不外于以下幾條，它們形成了一個關系鏈：
（1）、致病菌在環境中的積存；
（2）、促成致病菌繁殖的因素；
（3）、使致病菌從積存地散播給易感人群的途徑；
（4）、其毒性足夠感染人體的菌株；
（5）、致病菌接種在人體內能夠發生感染的部位；
（6）、易感染且無法成功抵御感染的人員。 
現代醫院對空氣途徑細菌控制的要求，越來越高。這是因為空氣途徑引起的院內感染，要多于其它途徑。其原因在于：
1、人類呼吸道的可感染性劑量，大大低于其它途徑人類在長期進化過程中，幾乎沒有遇到過空氣污染，故其呼吸系統的免疫能力，要比腸胃系統的免疫能力差得多。呼吸道的可感染性劑量，大大低于其它途徑，例如，人吃下去一億個兔熱桿菌，才可能感染，但只要吸入10~50個，就會發病。由于人類的呼吸量，要大大高于食量，所以同樣程度的細菌污染，空氣途徑的更容易使人得病，危害更大。但不幸的是，目前人們對食品衛生，遠遠比對空氣衛生更重視。
所謂院內細菌，就是耐藥性增強的某菌株。由于菌種平衡被破壞，在特定環境下，該菌株有可能大量繁殖。越是無菌的環境，潛在的危害越大。為此，德國標準DIN 58948第7部分規定，凡采用化學方法進行消毒滅菌，必須檢查化學藥物殘留量，采取妥善的措施，消除殘留的有害物。這點并沒有引起我們的足夠重視。有的觀點認為，既然細菌是依附在塵粒上，帶菌粒子的當量粒徑不小于1微米，只要在空調系統末端，增設空氣過濾器，就可以消除一切細菌危害。而事實上，細菌是活的粒子，在不利的狀態下，會變成孢子，有很長的潛伏期，可導致持續的潛在風險，只要條件合適，就會大量繁殖。 “不合適空調”均會在空調箱和管道內表面、冷卻去濕盤管、冷凝水盤與排水水封、加濕器及其存水容器、受潮空氣過濾器表面等地方，促成致病菌不斷積存和繁殖。在整個系統停機期間（如下班或放假），當室外空氣滲入空調箱，箱內溫度回升，冷凝水積水不斷蒸發，箱內的空間就會成為細菌繁殖的理想場所，從而在停機期間（至少也有10個小時）大量滋生細菌。細菌在繁殖過程中，會產生多種代謝物，如氣味、毒素、過敏物質（如細胞膜、碎屑）。大多代謝物的粒徑很小，很容易穿透過濾器，對人的危害不亞于活的細菌。這就是空調系統的二次污染;在這種情況下，當第二天開機時，會出現霉味或其它令人不愉快的異味。相關微粒會使過敏人群打噴嚏、眼睛發癢。這被稱為開機爆發性細菌污染;針對這種情況，近年來，國外標準都提高了末端空氣過濾器的效率，如將手術室末端的亞空氣過濾器，改為了過濾器。但是，末端過濾器可以濾掉細菌（其實是帶菌粒子），不能全部過濾掉細菌的所有的代謝物（如氣味、碎屑等）。因此，從建立保障體系的意義上講，控制細菌繁殖，比濾掉細菌更重要。僅靠增加空氣過濾的方法，難于消除細菌危害的隱患，無法滿足潔凈手術部保障體系的要求。 由上可見，傳統的空調系統，尤其空調箱內部，是細菌繁殖的良好溫床。要解決空調箱自身污染，避免由此產生的二次污染，首先應該地考慮破壞或消除細菌滋生的條件，抑制或減少細菌發生，切斷空調系統所有潛在的污染傳播途徑。或者說，要避免二次污染，就應該實施一種消除一切滋菌可能性的預防措施。這是與一般的傳統觀念不一樣的新思路。
醫院空調系統的細菌控制細菌（特別是孢子）無處不有、無時不在。細菌的生存條件，主要是營養源（或塵粒）和水分（或高濕度）。在空調范圍內，溫度因素對細菌滋生的影響，沒有前兩者大。 空調系統中有許多場所，為細菌的定植、繁殖和傳播提供了良好的條件，如：空調機組的熱交換盤管（尤其是冷卻去濕工況）；空調機組的凝水盤、水封；空調機組的加濕器；空調機組中長期處于高濕度下的空氣過濾器；系統中各部件的橫向接縫或內表面；系統的消聲器、靜壓箱等。 空調系統中，zui大的細菌發生源是空調機組，因此杜絕空調機組的二次污染，是解決問題的重點。
要從根本上控制細菌滋生，只要破壞或消除它的生存條件就可以。道理似乎十分簡單，但要真正做到這一點，是十分不易的。因為空調過濾器的準時更換是醫院二次污染與細菌控制方法之一：
2、凈化空調機組中出現積塵，主要在新風口但是不能不進新風，只能減少新風口的數量，強化新風過濾，而無法取消新風口。
3、空調機組中產濕的部位，主要是冷卻去濕盤管和加濕器這是空調機組中調節空氣的關鍵部件，無法取消，只能采取措施來控制細菌滋生。
4、為控制盤管滋生細菌，要盡量減少塵埃進入盤管這要求率的中效過濾器，設置在盤管前。但是，為了防止經中效過濾器過濾后的空氣，不再受污染，凈化措施要求中效過濾器，設置在系統的正壓段。這是難以解決的矛盾。
5、空調機組出現存水的地方，是凝水盤和水封由于盤管處于機組的負壓段，無法改變凝水盤、水封的積水、存水問題。
6、空調機組內加濕器有霧化、蒸汽兩種形式 加濕器的存水罐，是一個細菌滋生的場所，霧化又是細菌進入空氣的途徑。蒸汽理應是無菌的，而直接從鍋爐中來的蒸汽，卻含有對人有害的化學物質，不能直接采用。
7、空氣過濾器是除塵的有效手段，但長期受潮 過濾器表面積塵，一般不存在滋菌問題，但是過濾器長期受潮，就有細菌繁殖的可能。要使設置在冷卻去濕盤管和加濕器后面的空氣過濾器，總處于干燥狀態，實在是件難以實現的事情。
8、常規的空調機組結構，難以防止塵粒存積,要防止空調機組內塵粒存積，就要避免內表面凹凸不平或橫向接縫，要求底部與側板交角為圓角等。而常規的空調機組結構，難以做到這點。 可見空調機組的二次污染的控制，相當不易，被認為是對空調設施的一種新的挑戰。