通風空調設計應結合當地具體情況因地制宜、應選技術成熟，安全可靠的系統方案及設備、材料。選擇運行、調試和安裝可靠、簡單、高效的設備和控制系統。風量調節選用帶調節量指示刻度的密閉手動調節閥；電動密閉開關閥門宜采用常開型閥門（失電時開啟，給電時 關閉）。
1、負壓隔離病房氣流組織
負壓隔離病房宜選擇定排風量。隔離負壓病房排風量應保證恒定，送風量的調節應保證區域內壓差梯度穩定，使整個區域的氣流保持正確的流向，始終維持氣流從潔凈區域-->潛在污染區域-->污染區域。從辦公區-->工作區-->走廊/緩沖-->病房-->衛生間。負壓病房和負壓隔離病房消殺凈化消毒機宜接近患者頭部，且應避免擾亂污染氣流的排出。
2、負壓隔離病房的空氣濕度
充分考慮圍護結構的氣密性及現場條件的不確定性，適當合理增加清潔區送風、半污染區、污染區的排風的風量裕量。預留加濕設施，室內空氣消殺設施（靜電類、離子瀑類、光觸媒、等離子或紫外線）的條件。當采用管道紫外線殺菌照射（UVGI）技術應符合 GB15982-2012  《醫院消毒 衛生標準》和 WS/T368-2012《醫院空氣凈化管理規范》的相關規定。凈化消毒機出風口臭氧發生量不得大于 0.02mg/m3。
3、空氣監測
具備條件時，宜對病房內的溫濕度及空氣質量（顆粒物等）進行檢測。調試與運行應考慮清潔區、半清潔區的風量的變化。 病患者出院、轉院或死亡后，病房及衛生間及負壓隔離病房獨立的空氣處理系統應對環境整體消毒。現場定期巡視壓力或壓差儀表，運行維護人員遠程監視，密切關注設備和風口的過濾器阻力的堵塞情況，如自控系統報警或現場發現儀表異常，應及時處理，保持過濾器通暢。在排風口安裝的高效過濾器應滿足現行國家標準《傳染病醫院建筑施工及驗收規范》GB50686 的有關要求。
4、設備監測
所有設備運行前，應按設備使用說明進行調試前檢查，確認設備安裝符合安全和平穩要求后進行試運轉。機組啟動后應注意監測電機運行電流是否正常，機組是否有異常響聲。檢查機組風量、風壓是否正常。空調設備冷量、熱量等應按不同工況調節。
5、廢的排風高效過濾器的處理
失效的排風高效過濾器應有專人按病毒感染類垃圾采取以下方式收集及封裝：
（1）雙層黃色垃圾袋內，并在標簽上注明為病毒感染類垃圾。
（2）過濾器垃圾不大于容器容量的 3/4，使用有效的封口方式，及時封閉包裝過濾器。
（3）不應取出已經放入容器內的過濾器垃圾。
（4）病毒感染類垃圾應有與轉運人員的交接登記并雙簽字，記錄應保存 3 年。