1、生物污染的檢測采樣儀器的選擇原則
（1）了解與分析所需采樣的活性粒子的類型
由于不同微生物自身的粒徑不等，生存形態各異，有效的載體不同等等，這些區別與差異都會影響采樣方法和采樣儀器的選擇。因此，必須有針對性的選擇采樣儀器方能獲得可靠的測量值，在這一點上與空氣中懸浮微粒的檢測相比顯得更為復雜。
（2）該活性粒子對采樣方法的敏感性
例如某些活粒子凝塊易被沖擊采樣器的沖擊力所破碎，造成活性粒子采樣的機械損失而影響采樣效率。對于此類活性粒子則宜避免選用這類采樣方法。
（3）活粒子的預期濃度
這也是需要根據經驗作出預判斷的一個方面，例如活粒子濃度很高時，在某種儀器的小采樣量條件下獲得的采樣結果，也會因菌落重疊，難于計數，而造成較大的檢測誤差。
（4）危險區的可達性
所設定的生物污染控制危險區往往不適宜采樣或采樣的風險較大。例如，靠近手術切口上方空氣的含菌濃度是空氣環境對感染率產生影響的敏感部位，而恰恰在這個部位進行檢測采樣存在較多的困難與隱患，可能影響、干擾醫護人員的操作，存在較大的醫療事故風險。對于手術中的這個生物污染控制的危險區域，采樣儀器往往是不能進入的，即存在不可達性的問題。基于這種情況，就要安排其它合適的檢測采樣位置，而該部位的測值應是能反映危險區域生物污染控制效果的。
（5）極低程度生物污染的檢測能力
對于這種情況要事前判定所選采樣儀器是否能反映真實情況。譬如在ISO 5級以上的潔凈室中，由于空氣潔凈度很高，懸浮微粒稀少，如用沉降平皿采樣，則其平皿數或沉降面積和暴露時間都要大量增加，才有可能滿足檢測概率的要求。否則，按常規方法操作，平皿的讀值都可能為“0”，但這并未反映低濃度污染的真實情況。因此，在對極低程度生物污染環境選擇檢測儀器和方法時，要格外重視其檢測能力。如果使用其它帶吸氣動力源的微生物采樣裝置時，其采樣空氣量、采樣持續時間也應與一般污染環境不同，要依據采樣概率來分析與計算必要的采樣空氣量，再決定所選儀器的單位時間采樣量和采樣時間。
（6）采樣儀器對所監測工藝或環境的影響
這也是選擇檢測儀器和檢測方法時必須考慮的問題。例如某些微生物采樣器噪聲較大，如果用于手術中的微生物采樣，就要顧忌其是否影響、干擾醫護人員的正常操作。
2、采樣計劃的制定
采樣計劃首先應該明確所檢測、監測的生物污染控制區的潔凈度、生物污染控制水平，這些指標是依據工作人員的安全、保護工藝和保證產品的質量，以及保障環境的需要來確定的。這些指標通常由業主、使用單位提出。
（1）采樣計劃
采樣計劃必須以正式文件的形式確定下來，以作為生物污染檢測工作所依據的證明文件。此文件經業主、承包商或檢測單位共同認可，并符合國內、的相關規范。這個有關采樣計劃的證明文件，對生物污染數據的準確評價與解釋是*的。采樣計劃中應明確檢測時該區域所處的狀態。一般情況下，生物污染檢測是在動態條件下，甚至選擇在該區域活動頻繁的時間段。當然，靜態條件下的檢測也是需要的，它能對潔凈室的設計與效能提供有用的信息，并可作為運行中比對的原始資料。采樣計劃文件中應就檢測狀況予以明確規定。
（2）采樣點的選擇與數量
除均布測點外，危險區域通常宜增點測點。例如生物潔凈手術室的手術床周圍，一般都會額外增設測點。
1）沉降菌
我國國家標準GB/T 16293-1996《醫藥工業潔凈室（區）沉降菌的測試方法》（2006版的《醫藥工業潔凈廠房設計規范》仍遵循此測試方法）中關于測點的規定如下表：
沉降法的少采樣點數目

注：表中的面積，對于單向流潔凈室，是指送風面積；對于非單向流潔凈室是指房間的面積
表中的潔凈度級別，依原有習慣按美國聯邦標準209的分級劃分，表中的英制100級相當ISO 5級，10000級相當于ISO 7級，100000級相當于ISO 8級。
表中所規定的沉降菌測點數與住房和城鄉建設部行業標準JGJ 71-90 《潔凈室施工及驗收規范》所規定的空氣中懸浮微粒采樣的低采樣點數是*一致的。
工作區采樣點的位置，一般略高于工作面，即離地0.8～1.5m。
在關鍵設備或關鍵活動范圍處可增加采樣點。
根據ISO 14644-1的規定，空氣中懸浮微粒測定的采樣點數較之大為削減，至于沉降菌的測點數是否參照現行標準執行，尚有待研究決定。尤其是在動態條件下按國內現行標準進行沉降菌的監測，表中所列測點數對于面積較大的高級別生物潔凈室，在實施時困難是較大的。
2）浮游菌
我國國家標準GB/T 16294-1996《醫藥工業潔凈室（區）浮游菌的測試方法》中（2006版的《醫藥工業潔凈廠房設計規范》仍遵循此測試方法）關于測點的規定如下表所列，表中區別驗證與監測兩種不同情況給出了不同的采樣點數。
浮游菌測試的少采樣點數目

注：1、表中的面積，對于100級的單向流潔凈室，包括層流工作臺，指的是送風口表面積；對于10000級、100000級的非單向流潔凈室，指的是房間面積。
    2、日常監測的采樣點數目由生產工藝的關鍵操作點來確定。
浮游菌采樣測點的位置一般離地面0.8～1.5m。送風口測點位置一般距出風面0.3m左右，測點位置也宜離開污染較集中的回風口1m以上。對于關鍵設備與關鍵工作活動范圍處宜增加測點數。
3）采樣點均布方法
對于均布采樣點的布置方法，GB/T 16293-1996和GB/T 16294-1996還提供了一些測點布置圖供參考：

國家標準GB 50333-2002《醫院潔凈手術部建筑技術規范》關于不同級別手術室監測時的測點數與位置如下表所列。無論是塵粒數、浮游菌、沉降菌采樣，均按下表執行。

手術室面積一般在20～60m²范圍，通常是高級別的面積較大，低級別的面積稍小。以單位面積的測點數推算，上表所列采樣點數與國內現行的其它標準基本一致。
3、采樣量的要求
采樣量偏小可能提供不了具有代表性的結果，過大的采樣量又將增加工作量，降低工作效率，國標GB/T 16293、GB/T16294分別作出了一些規定，可供參考。
（1）沉降菌
GB/T16294-1996對于沉降菌的培養皿數有如下規定：在滿足所規定的少測點數的同時，還宜滿足所規定的少培養皿數，如下表所列：
國家標準GB 50333-2002《醫院潔凈手術部建筑技術規范》對沉降菌測試少培養皿數規定如下表所列：

（2）浮游菌
GB/T 16293-1996關于浮游菌檢測時，根據日常監測與環境驗證的不同情況，給出了每次小采樣量的規定值，如下表所列：

國家標準GB 50333-2002《醫院潔凈手術部建筑技術規范》對懸浮微粒采樣量的規定是：每次采樣的小采樣量100級區域為5.66L，以下各級區域為2.83L。關于浮游菌的測試，GB 50333-2002的規定如下表所列：

4、檢測與監測的頻率
生物污染受控環境的檢測與潔凈室的檢測相類似，在建設與常規運行過程中應有以下的檢測計劃。
（1）竣工驗收檢測；
（2）生物潔凈室綜合性能評價；
（3）定期監測。
此外，發生以下情況時需要額外安排檢測或調整監測頻率，其中有些情況也是生物污染受控環境所*的。
（1）生物污染受控環境連續超過報警值或動作值，需立即進行干預，以查明原因并采取糾正措施。
（2）生物潔凈室長期停運之后，在正式啟用之前需進行檢測。
（3）在危險區檢測到傳染媒介時。
（4）對通風空調凈化系統進行重大維護工作之后。
（5）對生物潔凈環境產生影響的工藝變更之后。
（6）改變清潔或消毒方法之后。
（7）可能會造成生物污染的意外事故發生之后。
5、樣品處理與培養
這也是生物污染受控環境有別于工業潔凈室（ICR）檢測的主要方面。截止目前，生物污染受控環境普遍采用的檢測方法，其采樣都要經過一定時間的培養才能得出結果。正因為如此，對生物潔凈室的采樣要格外細心，避免差錯，通常要注意以下幾個方面：
（1）樣品標識
1）每個采樣的樣品都應包含以下信息，以便在獲得培養數據后，為正確分析檢測結果提供可靠的依據。
2）采集日期和時間。
3）采集當時進行的活動以及偏離采樣計劃之處。
4）采樣人。
5）培養基類型。
（2）樣品處理方法
樣品從各采樣點收集后，要運送到集中培養處，在運輸或處理過程中不應影響所采集到的微生物的活性與數量，以下方面應予以注意：
1）運輸和儲存的條件是否適宜，進入正式培養前的時間是否偏長。
2）中和介質和滲透稀釋液的正確使用。
（3）樣品培養
培養基是按照所選定的微生物種類，并根據采樣環境、采樣方法及所使用的設備來確定的，不同微生物及培養基的培養條件有所不同。
為了保證采樣與培養的結果有效，培養基的品質十分關鍵。除了其組分、性能的可靠外，培養基容器外表面的潔凈度十分重要，通常需要二層或三層包裝。如有可能，在選擇培養基的培養溫度和時間時，要考慮對預期采集到的微生物有利的生長條件。