潔凈室壓差控制分為3個步驟：
步，確定潔凈區各潔凈室的壓差。
第二步，計算潔凈區各潔凈室維持壓差的壓差風量。
第三步，采取技術措施，保證潔凈室壓差風量，維持潔凈室壓差恒定。
步：確定潔凈區各潔凈室的壓差
按照《潔凈規范》6.2.l條和6.2.2 條的要求，潔凈室與周圍的空間必須維持一定的壓差，并應按生產工藝要求決定維持正壓差或負壓差。不同等級的潔凈室以及潔凈區與非潔凈區之間的壓差，應不小于5 帕，潔凈區與室外的壓差，應不小于10帕。在實際工程中，確定同一潔凈區各潔凈室的壓差，可以把每個潔凈室的壓力與潔凈區走廊相比較，以潔凈區走廊壓力值為基準。因為潔凈區走廊貫穿每一個潔凈室，每個潔凈室與潔凈區走廊的壓差確定了，潔凈室之間的壓差也就確定了。所有潔凈室的壓力值都以潔凈區走廊壓力值為基準，互相間的壓差值就不會混亂。如固體制劑車間，可以確定潔凈區走廊正壓值為18帕（潔凈區室外為0帕）；粉碎間、稱量間散塵嚴重，一般通過前室與潔凈區走廊相連，為避免房間內含塵量較大的氣流通過走廊擴散到其它房間，可以確定粉碎間、稱量間正壓值為12帕，前室正壓值為15帕。這樣，粉碎間、稱量間相對于前室為負壓，前室相對于潔凈區走廊為負壓。氣流從潔凈區走廊流向前室，從前室流向粉碎間、稱量間。凈干器具存放間用于存放洗凈、烘干的器具，為避免污染，可確定該房間正壓值為21帕，以避免走廊氣流流入該房間。
不同等級潔凈區之間的壓差：確定不同等級潔凈區之間的壓差，可以先確定低潔凈度級別潔凈室的正壓，再依次提高正壓值基數，確定高潔凈度級別潔凈室正壓。如，水針劑車間含10萬級潔凈區、萬級潔凈區、局部百級潔凈區。10萬級潔凈區走廊正壓值為18帕，因此就要提高萬級潔凈區整體的正壓值。總之，萬級潔凈區與10萬級潔凈區相鄰房間之間要有不小于5帕的正壓差。萬級潔凈區有百級潔凈區房間，對此，只要提高百級潔凈區房間正壓即可。
特殊情況潔凈區的壓差：某些藥品的生產車間，比如軟膠囊生產車間，在同一潔凈區內有相對濕度不同的潔凈室，對此，應控制比較干燥的潔凈室，相對相鄰潔凈室為正壓，以免濕空氣流向干燥的潔凈室。青霉素類等高致敏性藥品的生產廠房，分裝室等有藥粉暴露的潔凈室應保持相對負壓。
第二步：確定維持壓差的壓差風量
潔凈區各潔凈室維持正壓差的壓差風量，需要由室外新風補充。因此潔凈室正壓差風量的大小，直接影響到凈化空調系統的新風比，以及凈化空調系統的耗能量。潔凈區各潔凈室維持負壓差的壓差風量，由該潔凈室外滲入潔凈室，在很多情況下，其是未經凈化處理的室外風，因此潔凈室負壓差風量的大小，直接關系到負壓潔凈室的潔凈度。目前，常見的計算潔凈室壓差風量的方法有縫隙法和換氣次數法。縫隙法即根據潔凈室門窗等縫隙總長度來估算潔凈室壓差風量，但在實際應用中，統計門窗等條縫數量的工作比較繁瑣且易造成錯漏，目前已較少應用。換氣次數法，即根據潔凈室換氣次數來估算潔凈室壓差風量。在實際工程應用中，該方法具有簡便、易行、較準確等優點，是常用的方法。《潔凈規范》條文說明第6.2.3條推薦換氣次數法，并提出按下列數據選用：壓差5帕時，1～2次/小時，壓差10帕時，2～4次/小時。其他工具書也有推薦值，如《實用供熱空調設計手冊》（以下簡稱《手冊》）推薦值為壓差4.9 帕時，0.7 次/小時，壓差9.81帕時，1.2 次/小時。但是，在實際應用中，《潔凈規范》推薦的數據趨于保守，消耗壓差風量大，不經濟；而《手冊》推薦的數值比較適宜。在實際工程中，*可以通過加強潔凈室圍護結構氣密性，從而減少房間壓差風量。根據潔凈室壓差值大小，壓差風量宜按l～2次/小時的換氣次數選用。
第三步：維持潔凈室壓差恒定
上述潔凈室壓差值、壓差風量，都只是理論值，需要采取一定的技術措施和設施來實現。在實際工程中，控制潔凈室壓差的方式有多種：
一般的情況下，采取定風量系統的方式較多，即首先保證潔凈室送風量相對恒定，調節潔凈室回風量或排風量，從而控制潔凈室壓差風量，維持潔凈室壓差值；還可在潔凈室回（排）風支管上安裝手動對開多葉調節閥或蝶閥，調節回（排）風量，控制室內壓差。其優點是設備簡單，有效。
在空調系統調試時調好潔凈室內壓差的方法，其缺點是在空調系統運行過程中，潔凈室內壓差偏離設定值時，調節比較麻煩。該方法與其它方式配合使用，是目前工程中常見的控制潔凈室壓差的手段之一。在潔凈室回（排）風口，安裝阻尼層（如單層無紡布、不銹鋼濾網、鋁合金濾網、尼龍濾網等），能夠有效地保證潔凈室的正壓，但需經常更換作為阻尼層的過濾網，以防潔凈室內正壓過高。
在相鄰房間隔墻上安裝余壓閥，以控制正壓。其優點是設備簡單，可靠，缺點是余壓閥尺寸比較大，通風量有限，不方便安裝，也不方便與風管連接，只能在個別潔凈室安裝。在潔凈室回（排）風支管調節閥閥軸上，安裝電動執行系統，從而與相對應的閥門配套組成電動調節閥。根據反饋的潔凈室壓差值，微調閥門開度，自動調節潔凈室內壓差恢復到設定值。此種方式用于控制潔凈室內壓差比較可靠、，控制系統造價也不高，在工程實踐中應用較多，該系統可安裝在需要顯示壓差的潔凈室或典 型潔凈室的回（排）風支管調節閥上。
在潔凈室送風支管、回（排）風支管上安裝文丘里風量控制閥。
文丘里閥有三種類型：
定風量閥，可提供穩定的氣流量。
雙穩態閥，可提供兩種不同的氣流量，即大、小流量。
變風量閥，可通過對指令低于1秒鐘的響應和流量反饋信號閉環控制空氣流量。
文丘里閥具有不受風管壓力變化影響、反應迅速（小于1 秒鐘）,調節等特點，但設備比較昂貴，適合應用在某些要求控制負壓的生物制品生產廠房，有毒、生物安全實驗室（如P3級生物實驗室）等場所。因為要考慮人身安全問題，系統壓差控制必須是高精度、高可靠性的。對此，通過使用定風量閥、雙穩態閥可以嚴格控制潔凈室（或實驗室）送風量、排風量，從而形成穩定的壓差風量，控制潔凈室（或實驗室）壓差穩定；使用變風量閥對房間進行調控，使送風管閥流量追蹤排風管閥流量，可形成穩定的壓差風量，控 制潔凈室（或實驗室）壓差穩定。