1、工作原理區分：水平超凈臺和垂直超凈臺的工作原理是*相同的，所不同的只是外觀形式；從字面意思來理解，水平超凈臺的風是水平的，平面的。而垂直超凈臺的風向是垂直層流，風是從上往下吹的。打個簡單的比方，水平層流的超凈臺如同放在桌面的臺扇，垂直層流的凈化工作臺如同吊在天花板上的吊扇。
2、潔凈度區分：水平超凈臺和垂直超凈臺的效率是*相同的，不存在潔凈度的高低之差別。都是達到美聯邦標準的209E百級凈化。如果達不到百級凈化的超凈臺那就是一個次品。
3、價格上來區分：從材料和做工的復雜程度來說，垂直超凈工作臺要復雜一些，要費料費工一些，價格略比水平的貴，但相關不大。
4、封閉性能區分：水平工作臺是敞開式的，垂直超凈工作臺前面有升降玻璃擋板或有機玻璃檔板，垂直超凈臺不用的時候可以將擋板放下封閉。
5、使用場所上區別：水平流目前主要是食品檢驗，花卉、樹苗、食用菌接種組培；垂直層流應用于電子、化工、醫院、醫藥行業。也是因為一些化工、制藥企業的實驗操作過程中會有一些有毒有害氣體會影響人體健康，所以選擇往下吹風的垂直層流而不是水一層流似乎更合適一些。
6、操作使用方法：
（1）使用前，先提前50分鐘開機，然后開啟紫外燈，進行殺菌。持續30分鐘后，關掉紫外燈，然后啟動風機。
（2）凈化工作區內不能存放不必要的物品，以保證氣流能夠順暢正常流動。
（3）工作臺使用前，先用酒精濃度為75%的酒精溶液進行擦拭，進行消毒。
（4）工作結束后，要對工作臺面進行清理，關閉風機和照明開關，使用清潔劑和消毒劑，對工作臺進行清潔消毒。
7、注意事項：
（1）紫外燈關掉后，要打開風機，散盡臭氧后，才能進行實驗，否則不能進行。
（2）動作幅度不能過大，也不能過于激烈，以免損傷工作臺。
（3）凈化工作臺上不能堆放物品，進風口應保持暢通。
（4）帶有灰塵的物品，不能進入凈化區域內。
（5）使用酒精燈時，酒精燈中的酒精不能過滿，不能超過酒精燈體積的三分之二，以防灑出發生危險，并要保證用火的安全性。
（6）物品要及時取走，實驗室要保持清潔。
（7）如發現儀器有問題，應及時匯報，不能擅自進行處理。